党的十七大的报告明确提出：“要加强农业基础地位，走中国特色农业现代化道路，建立以工促农、以城带乡长效机制。”健全农业补贴制度，是建立以工促农、以城带乡长效机制的重要内容。
现行农业补贴政策亟待完善
近年实行的农业补贴政策，赢得了农民的广泛拥护，政治收益很高。但是，客观地说，不完善之处也是显而易见的：
1.有些地方反映，现行农业补贴政策容易导致农民“感恩有余，激励不足”、“要田积极，种田不积极”；容易出现“中央当做投入，农民当做收入，地方当做负担”的问题。
2.有些地方政府和农民反映，近年来，虽然各级政府对农业和农村的投入增加比较快，但与农业和农村发展的要求仍有很大差距，许多地方农业或农村基础设施建设停滞、退化的现象，仍比较严重。目前，对单个农户的农业补贴规模仍很有限，对农民增加农产品生产的激励作用出现了边际递减的现象。因此，与其继续实行农业补贴政策，不如将这些补贴集中起来，集中力量办大事，多解决一些单个农户想解决而又难以解决的问题。如多搞一些农业或农村基础设施建设，或支持农村服务体系建设等。
3.近年来，一些地方养殖业的疫病风险迅速增大，现行政策对能繁母猪的补贴标准太低，对刺激养猪业发展的作用不大。出现了大户看不上、散户不愿养的现象。个别地方则提出：对能繁母猪的平均补贴标准，比对农村新型合作医疗的人均补贴标准还高。
4.某些农业补贴政策的出台，开始表现出一定的随意性和产品导向性。似乎什么农产品的供给出现了大问题，就要出台针对该种农产品的补贴政策。但对由此可能造成的对农产品供给的影响，缺乏审慎的测算。这些补贴政策到底需要持续多长时间，能够持续多长时间，在政策出台时大多没有统一的规划，长期考虑不够。长此下去，容易破坏不同种类农产品比较利益的平衡关系，进而导致不同种类农产品之间市场供给比例关系的紊乱，给完善农产品市场的宏观调控和保障主要农产品基本供给增加了困难；也难以让利益相关者形成稳定的预期，而这恰恰是确保主要农产品基本供给的大忌。
5.现行农业补贴政策的操作成本高，也是一个突出问题。有人认为，由于现行农业补贴政策的操作成本太高，降低了精减乡镇机构和人员的可行性。因为现行农业补贴政策的执行，需要必要的乡镇机构和人员来承担。
完善农业补贴政策的目标
完善农业补贴政策，应主要瞄准增强农业竞争力的目标，辅之以对农业生产者实行适度的收入援助政策，即面向农民的收入补贴政策。在工业化中期、城镇化加快推进的阶段，保障主要农产品供给固然重要，但应主要通过增强农业竞争力来实现。面向农业的补贴，应以尊重市场机制的正常作用，有利于引导我国农业增强自我发展能力，优先解决问题较重、外部性较显著的农产品供给短缺问题为前提，不应以牺牲农业的自我发展能力为代价。
对经济转型时期农业作为衰退产业的生产者实行适度的收入援助政策，即面向农民的收入补贴政策，主要是考虑农业发展具有较强的外部性，农业发展在生态保护、稳定社会、消除贫困乃至帮助农民实现就业增收等方面，还具有特殊重要的作用。农业发展应坚持效率指向，但由于资源环境和社会影响，又不能唯效率指向。在西欧、北欧，长期以来，家庭农场被作为社会可靠的稳定器、就业的来源以及消除农村贫困的保障。
今后我国完善农业补贴政策，应主要瞄准有利于增强农业竞争力的重点产业组织形式、影响农业竞争力提升的关键领域和薄弱环节；应当把加大对农业的补贴力度，同增强农业的产业竞争力结合起来，防止过度地依赖补贴或滥用农业补贴，破坏农产品之间正常的供给比例关系。
明确完善农业补贴政策的思路
一是以引导或激励性补贴为主，以收入援助性补贴为辅，尽可能为市场机制的正常作用创造条件。如，为引导农业专业化、规模化和集约化的发展，借鉴国家设立粮食直补的经验，利用国家财政专项资金，设立规模经营直接补贴或牲畜圈养直补，按农户、农村种养企业的经营规模或常年存栏头数，重点支持达到一定规模的种养大户或规模化的圈养养殖户，以便更好地促进农业规模化、专业化和集约化的发展。
二是以经常性补贴为主，以临时性补贴为辅。以经常性补贴为主，是为了给市场主体提供稳定的预期。主要应针对有利于增强农业竞争力的重点产业组织和在较长时期内存在的影响农业竞争力的关键领域、薄弱环节。但不排除当某种主要农产品的市场供求出现严重问题时，临时实行刺激性的补贴政策，加大对市场主体增加供给的引导力度。临时性的补贴政策，应借鉴国外实行反周期补贴的经验，以加强预警和对政策实施效果的评估为前提；应对该项补贴政策的实施期限、补贴强度和分步有序的退出过程有明确规定；应以解决问题较为严重、外部性较为显著的农产品供给短缺问题为重点，并且谨慎使用，以免过多过滥。
三是在实行收入援助性补贴的过程中，要以关键性的问题区域为主，以一般区域为辅。如，建立综合性的农民收入补贴制度，应以农业转型和农民增收困难的传统农区为主；实行粮食直补应以粮食主产区为重点。
在加强前瞻性研究的基础上，今后对农业的经常性补贴应以增加补贴强度为主，注意简化程序、规范操作、降低成本。农业经常性补贴的标准应一定几年不变，或与财政增收、农产品或农资价格上涨等相关指标挂钩，以便农产品的生产或流通主体能够形成稳定预期。
在今后完善农业补贴政策的过程中，建议采取以下措施：第一，进一步增加农资综合直补、农机补贴和良种补贴的规模，适度提高补贴标准。加大良种补贴的力度，不但因为种子费是近年来推动农产品成本提高的重要因素之一，而且为了鼓励农户采用优良品种，提高农产品质量。鉴于农资价格的上涨，将是短期内难以根本改变的趋势，为熨平由此形成的对农民增加农产品供给的负面影响，适度提高农资补贴或农机补贴的标准，甚至将农资补贴标准与农资价格的涨跌挂钩，是非常必要的。建议对农资综合直补的标准根据“上年基数(1+浮动率)”确定。浮动率根据所在类型区上年主要农资产品与主要农产品价格平均涨幅之差，乘以一定的区域折合系数综合确定。以省为单位，综合考虑前5年主要农产品区域分布的差异、农产品成本构成和主要农资产品品种的不同，将全国分为若干类型区，各类型区的折合系数一定5年不变，并提前一年公布。第二，在农业转型困难较重、农民增收和农产品市场竞争面临压力较大的问题地区，特别是主要农产品主产区，要面向主要从事农业经营、就业和收入主要来自于农业的农民，建立农民收入补贴制度，以帮助转型困难较重的农村地区缓解农民面临的产业转型压力，减少由此引起的农产品供给大幅滑坡，稳定农业经营者队伍。相对于市民，农民所处的收入来源渠道产生收入流的能力要严重低于城市。在物价上涨和城乡收入差距扩大的背景下，农民更容易成为受害者。近年来，随着城市CPI的迅速上涨，农村CPI的涨幅也较高。因此，为熨平农村物价过快上涨对农民生活的负面影响，可在实行农民收入补贴制度的同时，将对问题地区以农业收入为主要来源的农户的收入补贴标准，同上年农村物价指数挂钩。