村民自治作为农村基层民主治理的一个重要组成部分，发端于上世纪八十年代初，兴起于上世纪九十年代。经过二十多年的努力，农村的基层民主治理——村民自治应该说还是取得了一定的成效：引入了农村基层民主治理的概念，建立了农村基层民主的框架，使农民获得了行使农村基层民主权利的机会。但这种权利很大程度，或很多时候总是限定在某一范围内或流于某一种形式，使人们对农村的基层民主治理总有一种可望不可及的困惑。究起原因是多方面的，但主要表现历史因素、体制因素、经济状况和运作机制这四个方面。

从产生的历史上看，农村的基层民主治理——村民自治从诞生的那一刻起就注定了农村的民主治理难以真正落实。因为村民自治作为农村村民委员会管理方式上的一次重大嬗变，是建立在农村村民委员这一基础之上的。而村民委员会，是作为人民公社取缔后管理农村政治、经济和社会的一种替代组织形式。因此，它从娘胎里就注定了它是一个具有双重身份的怪胎，即名义上是自治，实质上无法自治。因为它没有最终的财政收入支配权和村民自治组织组成人员的组阁权，它的组成和运作要受制于国家权利机关的制约，国家的某些目标和任务要通过它来实现，它是作为国家基层地方行政功能的一部分而存在。因此，农村地方的事怎么办？先办什么？后办什么？村民自治组织实际上是无权决定的。村民自治组织由谁牵头？成员由哪些人组成？也不是由村民自己说了算，很大程度上取决于上级组织的喜好与决定，这就造成了农村的基层民主治理事实上的无法真正落实。

从现行的体制上看，现行的乡村一体的权力结构体制制约了农村基层民主治理的生存和发展空间。由于农村基层民主治理的机构——村民自治组织的基石是农村农民委员会，因此，从它产生起就赋予了一定的行政管理职能，即县、乡两级政府通过一定的权利的下放，由村民委员会代替行使某些行政职能。如：农业种养规划的贯彻，农村税费的征收，农村人口计划的落实，农村土地的管理和农村社会的治安等方面，形成了县委——乡镇党委——农村党支部和县政府——乡镇政府——农村村民委员会等三个层次的农村管理体系，牢牢控制着农村资源的分配，农村经济和农村社会的发展。这一点在农村税费改革前，尤其是上世纪八、九十年代表现得十分突出。因此，这一权力结构体制就决定了县、乡两级政府，特别是乡镇党委政府对村民自治组织的组阁权和财产处置权的牢牢控制。首先，对农村两委班子（党支部、村委会）一把手采取任命制或先审后选制。所谓任命制即村党支部书记和村长直接由乡镇党委任命后，再由这两人去补选其他组成成员，这在上世纪八十年代尤为突出。所谓现审后选制即对村党支部书记和村长人选，由乡镇党委安排乡镇组织的专班人员先到各村走访摸底，筛选物色对象，报乡镇党委、政府审查研究，再通过走过场的形式，由包村干部组织村民照葫芦画瓢，这在上世纪九十年代特别典型。通过这两种方式牢牢控制农村两委班子的主要人选和其他组成人员，确保选出来的人能真正贯彻县、乡两级政府的意图，完成县、乡两级政府下达的计划和任务。其次，对村级财务实行“村财乡管”或‘村账乡管’。名义上是强化乡镇对村级财务的监督，实质上是想通过对村级财务的监控，达到对村级两委班子的控制，先办什么？后办什么？县乡镇政府就有主动权，村民自治组织也就只是县、乡政府的影子，照着办。否则，不是提帽子，让你当不成村党支部书记或村长；就是通过扣减经费的办法实行经济惩罚，让你搞不成村级建设和无法兑现干部工资而自动下台。这一体制注定了农村基层民主治理无法真正展开。

从农村经济状况上看，衣食温饱都成问题的农民从主观上缺乏追求农村基层民主治理的热情。中国是一个农业大国，追求衣食温饱一直是中国农民的最大梦想。农村改革开放以来，虽说农村发生了巨大变化，农民的生活质量也有了明显地改善。但有一个事实也是无法回避的，那就是：这种改善的速度总是滞后于国民经济发展的总体水平，农民的消费水平与城市居民的消费差距越来越大，农民收入的增长水平总是无法满足不断增长的社会平均购买力。加之农业收入在大多数地区仍然是当今农民收入的主要来源，而农业又是一个弱质产业和受自然条件影响很大的风险性产业，农业收入极不稳定，农民的生存问题时常受到威胁。因此，在农民的基本生存权利都无法得到保障的情况下，大多数农民在还为改善膳食结构、住房条件、看病医保和子女就学发愁的情况下，他们根本不会也不可能去考虑农民参与农村基层民主治理的权利。而这一群体占农村人口的60%以上。即使现在有不少地方在实行村两委会选举中，有不少农户参与了投票，但这种投票，在很大程度上往往不是因为他们的民主参政意识的觉醒大，多数是冲着一票30——50元钱去的。而且，这种投票参与率大多高于县、乡人大代表的选举和村民“一事一议”的参与率，因为这些都是没有报酬的义务。这一现象看起来虽然似乎有点悲哀，但这却是农民真实意识的显现。加之农村实行家庭承包经营责任制以后，农民与集体的联系纽带因经济分配关系的改变而变得越来越脆弱，在经济利益日趋表面化的今天，农民首先关注的是自己利益的得失，然后是亲友、家族和集体利益。因此，他只有在觉得这种农村基层民主治理对他有利时，他才会去积极投入。所以，农村经济不发达，农民收入增长不稳定是制约农村基层民主治理最大的阻力。只有消除农村贫困，才能有望实施农村的基层民主治理。

从形成机制上看，缺乏规范行为管理的村民自治组织的形成机制使农民对农村基层民主治理丧失信心。首先，现在的农村基层民主治理组织——农村村民自治组织在形成过程中，往往是形式重于内容，过程重于结果。所谓形式重于内容，是指地方政府在推行农村基层民主治理的过程中，人们大多关注的是选举方式上的改革，而很少有人去关注农民参政意识和文明程度的提高。其结果是，选举方式确实是了重大改进，由过去的乡镇党委任命，变为了村民的直选。但由于多数农民受自身经济条件的限制和文化素质的制约，一时间在参与农村基层民主治理的心理准备上表现得明显的不足，容易受到物质的诱惑和旁人的怂恿，而放弃自己的主见和民主权利的行使，使这种本来体现农民民主意识的权力形式，往往容易成为被人利用和操从的御用工具。尤其是宗族房头和社会黑恶势力的介入，使这种形式在不少地方变成了为少数人谋取利益代理人的最佳途径，从而导致村民自治的“自我管理、自我教育、自我服务”和“民主选举、民主决策、民主管理、民主监督”的核心价值的流失。所谓过程重于结果，是在推行农村基层民主治理时，人们在关注农村基层民主治理的过程中，更多地关注这个人选是否是直选出来的？而很少有人去关注这个人的品学才识是否承担得起农村基层民主治理的这个角色。于是，一些良莠不齐的各色人物趁机渗透到村民自治的组织中，特别是那些怀有私心的黑恶势力或宗族房头势力相互交织，导致一些地方的农村政治、经济、文化资源为少数人所掌控的同时，鱼肉百姓、欺压善良。既容易造成特权阶层的出现，加剧农村贫富悬殊，带来农村社会的动荡；也易引起农民对这种村民自治组织产生方式的不满，从而对农村的基层民主治理失去信心。其次无论是那一种方式形成的农村基层民主治理，总都有县、乡政府的影子和来自行政方面的干预，计划经济时代的那种传统思维方式不时的干扰着农村基层民主治理进程，使农民的知情权、参与权、决策权和监督权大打折扣，行使的权利空间遭到挤压。农民因此对农村能否真正实行农村基层民主治理产生怀疑，从而失去对这一有利于实现农民民主权利的农村基层民主治理方式的信任。

因此，要真正推行农村基层民主治理，首先是要从现行的乡村权力结构体制上进行改革，要彻底解除村民自治组织与县乡政府的隶属关系，摒弃其不应有的行政功能，使村民自治组织真正成为自我管理，自我服务，民主选举和民主监督的实体。其次，是国家要加大对农村的资金投入，多途径、多渠道地增加农民收入，使农民从追求衣食温饱的羁绊中解脱出来。农民只有基本生存权力得到保障后，才有热情和信心去追求政治的参与和对农村基层民主治理的关心和关注。同时，通过提高农民的文化素质，培养农民的参政意识和普及农民的法律知识来增强农民对农村基层民主治理的信心和责任。